Já com todas as partes em mãos, vamos colar tudo em um executável.

Vamos criar um arquivo brainfuck.pl cujo cabeçalho apenas importará o módulo parser e a biblioteca padrão main:

% -*- Prolog -*-
:- [parser, library(main)].

A lib main espera um predicado user:main/1, que receba uma lista de atoms representando os parâmetros da linha de comando. Considerando que nosso parse/1 espera o nome do arquivo, consideremos que o nome do arquivo seja passado na linha de comando:

main([Filename]) :- parse(Filename).

Se nenhum parâmetro for passado vamos exibir uma mensagem de uso:

main([]) :- current_prolog_flag(os_argv, [_, '-x', Path | _]),
            file_base_name(Path, Script),
            format('use: ~w <source>~n', [Script]).

Podemos rodar todos os testes a partir deste arquivo agora:

sh> swipl -q -t run_tests. brainfuck.pl
...
......
.......

Se quisermos testar como um script, adicione a seguinte linha:

:- initialization(main).

Use o arquivo hello.bf para testar:

sh> swipl -q brainfuck.pl hello.bf
Hello World!

Criando executável

Para criar um executável, remova ou comente a linha com initialization e execute a seguinte linha de comando:

sh> swipl -q
?- [library(qsave), brainfuck].
true.
?- qsave_program(brainfuck, [init_file('brainfuck.pl'),
|    goal(main),
|    toplevel(halt)]).
true.

Testando agora:

sh> ./brainfuck hello.bf
Hello World!